Prvi MiGovi-21F-13 iz SSSR na Kubu stižu 1961. iz SSSR, a brojili su 40 zrakoplova F-13 inačica. Pri dolasku su dodjeljeni 213. borbenoj eskadrili stacioniranoj u Santa Clari te su prvi let na Kubi imali 18. rujna 1962. samo nekoliko dana prije Kubanske krize. U razdoblju nakonprije krize, Američki F-104 Starfighteri su redovito vršili prelijetanja i izviđanja, te je 4. studenog 1961. došlo do kontakta kada su dva Kubanska MiG-21F-13 presrela Starfighter te mu prišli pri kutu za napad. Američki pilot se povukao no prijavio je bazi da su ga presrela dva zrakoplova bez oznaka, jer tada migovi još uvijek nisu imali oznake Kubanskog zrakoplovstva.
Tijekom krize je razvijen i posebni sustav praćenja zrakoplova, jer dotadašnji SAD-ovi radari nisu mogli otkriti nisko leteće migove. Ta je tehnika kasnije primjenjena i tijkom Vijetnama.
